Beleza, pelo teu texto, achei que era para algum curso e tal.
Bom para iniciar pode ser GBA, é de longe o mais simples de todos, pois a maioria esmagadora dos jogos tem compressão baseada na API do BIOS, que são 3: RLE, LZ77 e Huffman, está bem documentado aqui:
http://problemkaputt.de/gbatek.htm#biosfunctions em
Bios Decompression Functions.
Para encontrar no jogo, também não é nada complicado, basta usar um emulador que faça log das chamadas do BIOS, elas são feitas com a instrução SWI, então fica fácil, por exemplo, no VisualBoyAdvance, você vai em "Tools > Log" e marca SWI e você vai ter algo assim:
Explicando. Mandei logar as instruções SWI, assim quando eu pressionei o botão para aparecer "New Game" ele detectou uma chamada SWI 0x13 que indica descompressão Huffman do BIOS no endereço 0x081eed50, conforme está selecionado na imagem.
Logo, a rotina está explicadinha ali no documento, só criar o descompressor e depois o compressor, inserindo no endereço correto (sem extrapolar o tamanho ou alterando o ponteiro da imagem), veja que a imagem está em 0x081eed50, mas isso é um endereço do mapeamento de memória do GBA, onde a ROM começa em 0x08000000, logo, você precisa subtrair esse valor para achar o endereço no PC, o que é simples: 0x001eed50, lá está o dado comprimido.
Para testar com LZ77 que é uma compressão mais simples, jogos como Advance Wars, já RLE não lembro de nenhum.
Pense que há jogos que são comprimidos com rotinas próprias, logo essa dica do log de SWI não funciona, não tenho certeza, mas creio que Golden Sun é um desses jogos que não fazem uso de rotinas da API do BIOS.
Por isso, GBA é mais fácil, pois não é, a priori, necessário nenhum grande conhecimento de Assembly de ARM para começar a fazer coisas "avançadas" com os jogos.
Aqui tem um código-fonte em Python 2 que eu escrevi para rotinas LZ77, já vem configurado para descomprimir vários gráficos de Advance Wars:
http://www.romhacking.net/utilities/430/